Yayasan Sejahtera Kajen bermula dari berdirinya Yasoda Sejahtera (Yayasan Sosial dan Dakwah Sejahtera) pada tahun 2001, sebagai bentuk kepedulian terhadap penguatan dakwah dan pendidikan Islam di tengah masyarakat. Seiring dengan perkembangan lembaga serta kebutuhan pengelolaan yang lebih terarah dan profesional, pada tahun 2008 dilakukan perubahan nama yayasan menjadi YASEKA (Yayasan Sejahtera Kajen). Perubahan ini bertujuan untuk memperkuat identitas kelembagaan serta menegaskan fokus yayasan dalam bidang pendidikan Islam terpadu.